На батьківщині грав за один з найсильніших клубів Нігерії — «Хартленд», має досвід виступів за юнацькі збірні команди Нігерії.

В Україні Бабатунде з`явився у зимове міжсезоння сезону 2010-11 і пройшов тренувальні збори з представником української Прем'єр-ліги криворізьким «Кривбасом». На початку 2011 року уклав з клубом трирічний контракт. Під час виступів в Кривому Розі забив два голи. Після припинення існування команди «Кривбас» дістав статус вільного агента.

Міхель виступав за юнацьку збірну Нігерії, а в листопаді 2011 року був викликаний до олімпійської збірної, яка змагалася у відбірковому турнірі до літніх Олімпійських ігор 2012 р. На турнірі провів 2 матчі.

Цьогоріч у травні Бабатунде дебютував в національній збірній Нігерії - 31 травня у товариському матчі проти Мексики він замінив Брауна Ідейе. На Кубку конфедерацій, який відбувся у червні у Бразилії, Міхель був у заявці на матчах «орлів» із Таїті та Іспанією, а в грі з Уругваєм відіграв другий тайм і відзначився попередженням та двома ударами по воротах південноамериканців.

У «Волині» Бабатунде виступатиме під номером 79.